Địa mạo rạn san hô chắn bờ có thể được phân đới thành: sườn dốc mặt sau rạn (backreef slope), mặt bằng rạn (reef flat), mào rạn (reef crest) và sườn dốc mặt trước rạn (forereef slope). Giữa rạn san hô và đường bờ là một vụng biển được che chắn khỏi sóng và dòng chảy; trong vụng có các thành tạo san hô đa dạng về kích cỡ và hình dáng phát triển.[6]

• Sườn dốc mặt sau rạn:

Trong nhiều trường hợp, san hô ở đây phát triển kém hơn sườn dốc mặt trước rạn do đây là nơi tiếp nhận lượng trầm tích dồi dào bị sóng rửa trôi từ phần còn lại của rạn.[6]

• Mặt bằng rạn:

Mặt bằng rạn là một nền gần như bằng phẳng, nước nông, rải rác các thảm cỏ biển hay rong biển trên nền cát và mảnh vụn san hô.[6] Tại đây có thể diễn ra quá trình tích tụ trầm tích giàu vôi, sa khoáng mảnh vụn hay đá cuội do các cơn bão mang đến, từ đó tạo thành các bề mặt cố kết nơi các đảo hình thành.[7] Đây có thể là các đảo cát nhỏ (cồn cát) hình thành từ cát lắng đọng do sóng và hải lưu đưa tới.[6]

• Mào rạn:

Mào rạn nằm tại khu vực có năng lượng sóng cao với hoạt động sóng gần như liên tục. Đây là môi trường không thích hợp cho sự phát triển của san hô.[8] Hoạt động sóng mạnh có thể khiến hình thành một gờ tảo tạo thành từ tảo vôi cứng[2] - chiếm ưu thế là các loài thuộc hai chi Porolithon và Lithophyllum.[7]

• Sườn dốc mặt trước rạn:

Sườn dốc mặt trước rạn có thể tương đối thoải nhưng cũng có thể gần như dốc đứng, và độ dốc này tuỳ thuộc vào nhiều yếu tố. Mức độ đa dạng của san hô nơi đây giảm dần theo độ sâu.[9] San hô tại đới này có xu hướng phát triển theo phương thẳng đứng hướng lên mặt biển, tuy nhiên càng xuống sâu thì san hô có xu hướng phát triển dàn ngang nhằm thu nhận nhiều ánh sáng hơn.[9]